Royaume-Uni, époque victorienne. Après avoir œuvré pour le bien de tant de gens et d’animaux (avec qui il a la capacité de pouvoir discuter), le Dr Dolittle vit reclus et loin des Hommes. Mais la reine malade va le sortir de sa tanière en lui demandant son aide. Poussé par un jeune homme fasciné, Dolittle va entreprendre un fabuleux voyage, suivi de ses plus proches compagnons animaux, pour trouver un remède et découvrir la vérité là-derrière. Il lui faudra affronter des éléments de son passé qu’il aurai préféré éviter.